• Agricultura, Pecuária e Abastecimento- Luís Carlos Guedes Pinto (07/2006 – atual) – ligado ao PT- Roberto Rodrigues (01/2003 – 06/2006) – sem partido- Orçamento 2007: R$ 5,9 bilhões; R$ 133 milhões para investimentos.
• Secretaria Especial de Aqüicultura e Pesca- Altemir Gregolin (PT) (03/2006 – atual)- José Fritsch (PT) (01/2003 – 03/2006)- Orçamento 2007: R$ 95,6 milhões.
• Advocacia Geral da União (AGU)- Álvaro Ribeiro da Costa (01/2003 – atual) – sem partido- Orçamento: R$ 603,3 milhões.
• Banco Central- Henrique Meirelles (01/2003 – atual) – sem partido, foi filiado ao PSDB- Orçamento: despesa do Ministério da Fazenda
• Casa Civil- Dilma Roussef (PT) (06/2005 – atual)- José Dirceu (PT) (01/2003 – 06/2005)- Orçamento: R$ 683,3 milhões
• Cidades- Márcio Fortes de Almeida (07/2005 – atual) – indicação do PP e de Severino Cavalcanti- Olívio Dutra (PT) (01/2003 – 07/2005)- Orçamento: R$ 1,7 bilhão; R$ 1 bilhão para investimentos.
• Ciência e Tecnologia- Sérgio Machado Rezende (PSB) - (07/2005 – atual)- Roberto Amaral (PSB) – (01/2004 – 07/2005)- Eduardo Campos (PSB) (01/2003 – 01/2004)- Orçamento: R$ 5,1 bilhões; R$ 841 milhões para investimentos.
• Comunicações- Hélio Costa (PMDB) (07/2005 - atual) - Eunício Oliveira (PMDB) (01/2004 – 07/2005)- Miro Teixeira (PDT) (01/2003 – 01/2004)- Orçamento: R$ 4,3 bilhões; R$ 84,6 milhões para investimentos.
• Controladoria Geral da União (CGU)- Jorge Hage (PT) (06/2006 – atual)- Waldir Pires (PT) (01/2003 – 05/2006)- Orçamento: R$ 346,2 milhões.
• Coordenação Política e Assuntos Institucionais- Tarso Genro (PT) (03/2006 – atual)- Jaques Wagner (PT) (06/2005 – 03/2006)- Aldo Rebelo (PCdoB) (01/2004 - 06/2005)- Orçamento: Vinculado à Casa Civil.
• Cultura- Gilberto Gil (PV) (01/2003 – atual)- Orçamento: R$ 694 milhões; R$ 101 milhões para investimentos.
• Defesa- Waldir Pires (PT) (03/2006 – atual)- José Alencar (PRB) (11/2004 – 03/2006)- José Viegas Filho (01/2003 – 11/2004) – sem partido- Orçamento: R$ 38,9 bilhões, R$ 1,6 bilhão para investimentos.
• Desenvolvimento Agrário- Guilherme Cassel (PT) (03/2006 – atual)- Miguel Rossetto (PT) (01/2003 – 03/2006)- Orçamento: R$ 2,9 bilhões; R$ 1,6 bilhão para investimentos.
• Desenvolvimento Social e Combate à Fome- Patrus Ananias (PT) (01/2004)- Orçamento: R$ 24 bilhões.
• Desenvolvimento, Indústria e Comércio Exterior- Luiz Fernando Furlan (01/2003 – atual) – cota do presidente- Orçamento: R$ 1 bilhão; R$ 41,1 milhões para investimentos.
• Secretaria Especial de Direitos Humanos- Paulo Vanucchi (PT) (12/2005 - atual)- Nilmário Miranda (PT) (01/2003 – 07/2005)- Orçamento – R$ 72,8 milhões.
• Educação - Fernando Haddad (PT) (07/2005 - atual)- Tarso Genro (PT) (01/2004 - 07/2005)- Cristovam Buarque (na época, no PT) (01/2003 – 01/2004) – está filiado hoje ao PDT.- Orçamento: R$ 24 bilhões.
• Esporte - Orlando Silva (PCdoB) (03/2006 – atual)- Agnelo Queiroz (PCdoB) (01/2003 – 03/2006)- Orçamento: R$ 447 milhões; R$ 57 milhões para investimentos.
• Fazenda - Guido Mantega (PT) (03/2006 - atual)- Antonio Palocci Filho (PT) (01/2003 - 03/2006)- Orçamento: R$ 13,1 bilhões.
• Gabinete de Segurança Institucional - general Jorge Armando Felix (01/2003 - atual) – Cota do presidente- Orçamento: R$ 204,7 milhões.
• Integração Nacional - Pedro Brito do Nascimento (03/2006 – atual) – indicação de Ciro Gomes- Ciro Gomes (PPS e PSB) (01/2003 – 03/2006)- Orçamento: R$ 1,4 bilhão; R$ 631 milhões para investimentos.
• Justiça - Márcio Thomaz Bastos (01/2003 – atual) – ligado ao PT- Orçamento: R$ 6,5 bilhões; R$ 565 milhões para investimentos.
• Meio Ambiente - Marina Silva (PT) (01/2003 – atual)- Orçamento: R$ 2,8 bilhões.
• Minas e Energia - Silas Rondeau (07/2005 – atual) – indicação do PMDB, afilhado de Sarney- Dilma Rousseff (PT) (01/2003 – 07/2005)- Orçamento: R$ 5,8 bilhões.
• Planejamento, Orçamento e Gestão - Paulo Bernardo (PT) (03/2005 – atual)- Guido Mantega (PT) (01/2003 – 11/2004) - Orçamento: R$ 5,7 bilhões.
• Secretaria Especial de Políticas para as Mulheres- Nilcéia Freire (PT) (01/2004 – atual)- Emília Fernandes (PT) (01/2003 – 01/2004)- Orçamento: R$ 19 milhões.
• Previdência Social- Nelson Machado (07/2005 – atual) – sem partido- Romero Jucá (PMDB) (03/2005 - 07/2005)- Amir Lando (PMDB) (01/2004 - 03/2005)- Ricardo Berzoini (PT) (01/2003 - 01/2004)- Orçamento: R$ 190,3 bilhões.
• Secretaria Especial de Políticas de Promoção da Igualdade Racial- Matilde Ribeiro (PT) (03/2003 – atual)- Orçamento: R$ 17,3 milhões.
• Relações Exteriores - Celso Amorim (01/2003 – atual) – sem partido- Orçamento: R$ 1,9 bilhão; R$ 27,1 milhões para investimento.
• Saúde - Agenor Álvares (03/2006 – atual) – técnico, indicado pelo PMDB- José Saraiva Felipe (PMDB) (07/2005 – 03/2006)- Humberto Costa (PT) (01/2003 – 07/2005)- Orçamento: R$ 45 bilhões.
• Secretaria Geral da Presidência da República- Luiz Dulci (PT) (01/2003 – atual)- Orçamento: despesas da Presidência.
• Trabalho e Emprego- Luiz Marinho (PT) (07/2005 - atual)- Ricardo Berzoini (PT) (01/2004 – 07/2005)- Jaques Wagner (PT) (01/2003 – 01/2004)- Orçamento: R$ 35,1 bilhões; R$ 55,9 milhões de investimentos.
• Transportes - Paulo Sérgio Passos (04/2006 – atual) - indicação do PL- Alfredo Pereira do Nascimento (PL) (03/2004 – 03/2006)- Anderson Adauto Pereira (PL) (01/2003 – 03/2004)- Orçamento: R$ 8,3 bilhões; R$ 5,5 bilhões para investimentos.
• Turismo- Walfrido Mares Guia Neto (PTB) (01/2003 – atual)- Orçamento total: R$ 703 milhões; R$ 424,6 milhões para investimentos.
MINISTÉRIOS EXTINTOS:
• Secretaria Especial de Combate à Fome (incorporada ao Ministério do Desenvolvimento Social)- José Graziano (PT)
• Ministério da Ação Social (incorporado ao Ministério do Desenvolvimento Social)- Benedita da Silva (PT)
• Secretaria de Comunicação de Governo e Gestão Estratégica (perdeu status de ministério e foi absorvido pela Casa Civil)- Luiz Gushiken (PT)